Solution d'analyse de données

Analyse multivariée des variances par permutations (PerMANOVA ou adonis) dans Excel

12/12/2017

Ce tutoriel explique comment configurer et interpréter une analyse multivariée de la variance par permutations (PERMANOVA ou Adonis) basée sur des matrices de distance à l'aide d'XLSTAT-R dans Excel.

Qu'est-ce que la fonction adonis dans R ?

Adonis est une technique utilisée en écologie pour expliquer les communautés avec des variables environnementales. Son objectif est semblable à celui de l'Analyse multivariée de la variance (MANOVA).

La fonction adonis développée dans XLSTAT-R appelle la fonction adonis issue du package vegan de R (Martin Henry H. Stevens et Jari Oksanen).

Jeu de données pour réaliser une analyse adonis dans XLSTAT-R

Un classeur Excel comprenant à la fois les données utilisées dans cet exemple et les résultats obtenus peut être téléchargé en cliquant sur le bouton suivant :
Télécharger les données
Les données ont été extraites de Vegetation and Environment in Dutch Dune Meadows [Jongman, R.H.G, ter Braak, C.J.F & van Tongeren, O.F.R. (1987). Data Analysis in Community and Landscape Ecology. Pudoc, Wageningen]. Les données sont disponibles dans le package vegan de R.
Les 30 premières colonnes correspondent à l'abondance de 30 espèces végétales mesurées sur 20 sites. Deux variables environnementales mesurées sur les sites ont également été incluses :
  • A1: Thickness of the A1 soil horizon
  • Management : BF (Biological farming), HF (Hobby farming), NM (Nature Conservation Management), and SF (Standard Farming).
Le but ici est d'étudier les effets des variables A1 et Management et d'étudier l'interaction entre les deux sur la communauté végétale.

Paramétrer une analyse adonis dans XLSTAT-R

Allez dans XLSTAT-R / vegan / Permutational MANOVA using Distance Matrices(adonis)
XLSTAT-R Menu in Excel, adonis permutational ANOVA, vegan package

Dans l'onglet Général, sélectionnez la communauté de plantes dans le champ Variables dépendantes.
Sélectionnez la colonne A1 dans le champ Variables explicatives quantitatives et la colonne Management dans le champ Variables explicatives qualitatives.

Dans l'onglet Options, activez les interactions, réglez les permutations à 999 et sélectionnez Marginal dans le champs effets. Les effets marginaux sont équivalents à la somme des carrés de type III.

Cliquez sur OK pour lancer les calculs.

Une boîte de dialogue apparaît vous permettant de sélectionner les variables que vous souhaitez inclure dans votre modèle. Sélectionnez tous les termes et cliquez sur OK.
XLSTAT-R adonis, Factors & Interactions dialog box

Interpréter les sorties adonis

Le tableau d'adonis ANOVA montre que les variables A1 et Management ont des effets significatifs sur la communauté à alfa = 0,05. L'effet d'interaction n'est pas significatif.
XLSTAT-R adonis, ANOVA table with marginal SS
 
 
 

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