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Excelでの並べ替えMANOVAまたはadonis

12/12/2017

このチュートリアルは、Excel内でXLSTAT-Rエンジンを用いて距離行列の基づく並べ替え多変量分散分析(permutational Multivariate Analysis of Variance)または adonis をセットアップして解釈することを支援します。

adonisとは?

Adonis は、環境変数でコミュニティを説明するために生態学で使用される手法です。その目的は、多変量分散分析(MANOVA:Multivariate Analysis of Variance )と似ています。
XLSTAT-Rで開発されたadonis関数は、Rの veganパッケージのadnonis関数 (Martin Henry H. Stevens and Jari Oksanen)を呼び出します。


XLSTAT-Rでadonis分析を立ち上げるデータセット

データと結果のExcelシートは、下のボタンをクリックしてダウンロードできます:
データをダウンロード
データはVegetation and Environment in Dutch Dune Meadows [Jongman, R.H.G, ter Braak, C.J.F & van Tongeren, O.F.R. (1987). Data Analysis in Community and Landscape Ecology. Pudoc, Wageningen]から抽出されました。 このデータは、Rのvegan パッケージで利用可能です。
最初の30列は、20 箇所のサイトで測定された30の植物種の有無です。それらのサイトで測定された2つの環境変数も含まれます:
  • A1: A1 土壌横断層の厚さ
  • Management: BF (Biological farming)、HF (Hobby farming)、NM (Nature Conservation Management)、SF (Standard Farming).
ここでの目的は、A1、managementの効果および植物コミュニティでの両者の交互作用を調査することです。

XLSTAT-Rでのadonis分析のセットアップ

XLSTAT-R / vegan / Permutational MANOVA using Distance Matrices(adonis)を開きます。
XLSTAT-R Menu in Excel, adonis permutational ANOVA, vegan package
一般 タブでは、dependent variables (従属変数)フィールドでplant community を選択します。
Quantitative explanatory variables (量的説明変数)フィールドでA1を、Qualitative explanatory variables (質的説明変数)フィールドでManagementを選択します。
XLSTAT-R adonis dialog box, general tab
オプション タブでは、interactions(交互作用)を有効にして、permutations (並べ替え)を 999に設定し、 Marginal effects( 限界効果)を選択してください。限界効果は、タイプ III 平方和の表に相当します。
XLSTAT-R adonis dialog box, Options tab
OK をクリックすると計算が始まります。
ダイアログ・ボックスが現れて、モデルに含めたい項を選択できます。すべての項を選択して、 OKをクリックしてください。
XLSTAT-R adonis, Factors & Interactions dialog box

adonis 出力の解釈

adonis ANOVA table は、A1 と Management がalfa = 0.05でコミュニティに有意な効果を持つことを示しています。 交互作用効果は、有意ではありません。
XLSTAT-R adonis, ANOVA table with marginal SS
 
 
 
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